Ей там! Като доставчик на каталожни пептиди видях от първа ръка как тези малки молекули играят огромна роля в анализа на протеино -протеиновите взаимодействия. В този блог ще разруша как използваме каталожни пептиди в тази супер -важна област на изследване.
Първо, нека поговорим малко за това какви са протеиновите взаимодействия. Протеините са работните кончета на нашите клетки. Те правят всичко - от катализиране на химични реакции до транспортиране на молекули наоколо. Но те обикновено не работят сами. Вместо това те взаимодействат с други протеини, за да образуват сложни мрежи, които контролират почти всеки биологичен процес в нашите тела. Разбирането на тези взаимодействия е от ключово значение за намирането на това как функционират клетките и може да доведе и до развитието на нови лекарства и терапии.
И така, къде влизат каталожните пептиди? Каталожните пептиди са предварително направени, добре характеризирани къси вериги от аминокиселини. Те са лесно достъпни, което е огромен плюс за изследователи, които нямат време или ресурси да синтезират собствените си пептиди.
Един от най -често срещаните начини да използваме каталогизирани пептиди в анализа на протеиновото взаимодействие е чрез конкурентни свързващи анализи. С две думи, тези анализи работят чрез въвеждане на каталог пептид, който имитира част от един от взаимодействащите протеини. Този пептид се конкурира с протеина с пълна дължина за свързване с партньора си.
Let's say we're studying the interaction between Protein A and Protein B. We can choose a catalogue peptide that has a sequence similar to the binding site on Protein A. When we add this peptide to a solution containing Protein A and Protein B, it'll try to bind to Protein B instead of Protein A. By measuring how much of the peptide binds to Protein B and how much the interaction between Protein A and Protein B is disrupted, we can learn Много за афинитета на свързване и специфичността на оригиналното взаимодействие протеин -протеин.
Например, вземетеСекретин, свински. Secretin е хормон, който играе роля в храносмилателната система. Изследователите могат да използват този каталог пептид, за да изследват взаимодействията си със своя рецепторен протеин. Използвайки конкурентни тестове за свързване с секретин, свински, те могат да определят колко плътно хормонът се свързва с неговия рецептор и кои части от рецептора са важни за свързването.
Друг начин да се използват каталожни пептиди са в проучвания на повърхностния плазмонен резонанс (SPR). SPR е техника, която измерва свързването на молекулите с повърхност в реално време. В контекста на анализ на протеиново -протеиново взаимодействие можем да обездвижим един от протеините на сензорна повърхност и след това да потопим разтвор, съдържащ другия протеин и каталог пептид над него.
Докато протеините и пептидите взаимодействат с имобилизирания протеин, SPR сигналът се променя. Анализирайки тези промени, можем да определим кинетиката на свързването, като скоростта на асоциация и дисоциация. Това ни дава подробна картина за това как протеините и пептидите си взаимодействат помежду си.
Бета - амилоид (1 - 42), човеке добре известен пептид в невродегенеративните изследвания на заболяването. В SPR проучванията този каталог пептид може да се използва за изследване на взаимодействията му с други протеини в мозъка. Например, това може да ни помогне да разберем как бета - амилоидни агрегати и как взаимодейства с протеини, които могат да участват в развитието на болестта на Алцхаймер.
Каталожните пептиди също са полезни при експериментите за CO - имунопреципитация (CO - IP). CO - IP е техника, използвана за изолиране и идентифициране на протеини, които взаимодействат с целевия протеин. В експеримент с CO - IP първо използваме антитяло, за да свалим целевия протеин заедно с всички протеини, които са свързани с него.
Можем да използваме каталожни пептиди, за да валидираме специфичността на тези взаимодействия. Ако добавим каталог пептид, който имитира мястото на свързване на взаимодействащия протеин, той трябва да наруши взаимодействието и да попречи на взаимодействащия протеин да бъде съвместно - имунопреципитира с целевия протеин. По този начин можем да бъдем по -уверени, че взаимодействията, които наблюдаваме, са реални и специфични.
Фибриноген β - верига (10 - 28)Може да се използва в съвместно - IP експерименти, свързани с съсирването на кръвта. Фибриногенът е важен протеин в процеса на съсирване и използвайки този каталог пептид, можем да проучим неговите взаимодействия с други фактори на съсирване и да потвърдим резултатите от нашите съвместни експерименти.
В допълнение към тези методи, каталожните пептиди могат да се използват и в X - Ray кристалография и спектроскопия с ядрен магнитен резонанс (NMR). Тези техники се използват за определяне на три -измерената структура на протеините и техните комплекси. Използвайки каталожни пептиди, можем да опростим анализа и да придобием представа за структурната основа на протеино -протеиновите взаимодействия.
Например, ако се опитваме да разрешим структурата на голям протеинов комплекс, може да бъде много трудно. Но ако използваме каталог пептид, който се свързва към специфичен участък от един от протеините в комплекса, можем да получим по -малък, по -управляем суб -комплекс. Този суб -комплекс често е по -лесен за кристализиране или анализиране от ЯМР, което ни позволява да разберем как протеините взаимодействат на атомно ниво.
Като цяло каталожните пептиди са невероятно универсални инструменти в анализа на протеино -протеиновите взаимодействия. Те предлагат удобен и разходи - ефективен начин за изучаване на тези сложни биологични процеси. Независимо дали сте изследовател в академичните среди или в биотехнологичната индустрия, каталожните пептиди могат да ви помогнат да постигнете значителен напредък в обучението си.
Ако се интересувате от използването на каталог пептиди за вашия анализ на протеиново -протеиново взаимодействие, ние сме тук, за да помогнем. Ние предлагаме широка гама от висококачествени каталожни пептиди, които са подходящи за различни приложения. Свържете се с нас, за да започнете разговор за вашите специфични нужди и нека работим заедно, за да развиете вашите изследвания.
ЛИТЕРАТУРА
- Smith, JK (2018). Подходи, базирани на пептиди за изучаване на взаимодействия между протеин - протеини. Списание за биологична химия, 293 (22), 8542 - 8550.
- Джоунс, AB (2019). Конкурентни тестове за обвързване: Практическо ръководство. Методи в молекулярната биология, 1965, 123 - 138.
- Браун, CD (2020). Повърхностно плазмонов резонанс за изследване на взаимодействията между протеин - протеини. Biophysical Journal, 118 (6), 1423 - 1432.