Функцията на защитните групи е да изолират специфични функционални групи по време на процеса на синтез, като ги предпазват от намеса и само премахват защитните групи след завършване на специфични реакции за възстановяване на активността на целевата молекула. Процесът на отстраняване на защитните групи обикновено изисква меки условия, за да се избегне увреждане на целевата молекула. Например, методът за отстраняване на ROH от защитени алкохоли обикновено е да се произведат етери (ROR ') или естери (ROCOR') и след това да се хидролизират или подкиселяват при подходящи условия.
В обобщение, ролята на защитните групи в синтеза на PNA е от решаващо значение, тъй като осигурява ефективен синтез на сложни молекули, избягва нецелеви реакции и може да бъде селективно отстранен, когато е необходимо, за да се получат пречистени PNA продукти.