След разбиране на причините за пептидната нестабилност, потвърдено въз основа на дългогодишен опит в пептидния синтез, че има следните решения за подобряване на пептидната стабилност.
1) Насочена към сайта мутация
Замяната на остатъци, които причиняват пептидна нестабилност, или въвеждането на остатъци, които повишават пептидната стабилност чрез генно инженерство, може да подобри пептидната стабилност.
2) Химическа модификация
Има много методи за химична модификация на пептиди, като PEG модификацията е най-проучваната. PEG е водоразтворимо полимерно съединение, което е биоразградимо и нетоксично in vivo. PEG може да подобри разтворимостта на пептидите след свързване, да регулира биосъвместимостта, да подобри термичната стабилност, да устои на протеазното разграждане, да намали антигенността и да удължи полуживота in vivo. Изборът на подходящи методи за модификация и контролирането на степента на модификация може да подобри физическата годност или да подобри първоначалната биологична активност.
3) Добавки
Чрез добавяне на добавки като захари, полиоли, желатин, аминокиселини и определени соли, стабилността на пептидите може да се подобри. Захарта и полиолите принуждават повече водни молекули да обграждат протеините при ниски концентрации, като по този начин подобряват стабилността на пептидите. По време на процеса на сушене чрез замразяване гореспоменатите вещества могат също така да заменят водата и да образуват водородни връзки с пептиди, за да стабилизират естествената си конформация, и могат също така да повишат температурата на встъкляване на изсушените чрез замразяване продукти. В допълнение, повърхностноактивни вещества като SDS, Tween, Pluronic могат да предотвратят повърхностната адсорбция, агрегация и утаяване на пептиди.
4) Сушене чрез замразяване
Поредицата от химични реакции, които се случват в пептидите, като деамидиране, бета елиминиране, хидролиза и т.н., изискват участието на вода, която може да служи и като подвижна фаза за други реагенти. В допълнение, намаляването на водното съдържание може да повиши температурата на денатурация на пептидите. Следователно сушенето чрез замразяване може да подобри стабилността на пептидите.